Die Bürgerstiftung Bad Bentheim verfügt über drei zentrale Gremien gemäß ihrer Stiftungssatzung: die Stifterversammlung, den Stiftungsrat und den Vorstand. In getrennten und geheimen Wahlgängen werden die Mitglieder für diese Organe gewählt. Der Vorstand kann zur Unterstützung Gremien wie Arbeitsgruppen oder Ausschüsse einrichten. Die Stiftung kann auch eine Geschäftsführung einsetzen. Die Mitglieder der Gremien arbeiten ehrenamtlich. Der Vorstand vertritt die Stiftung rechtlich und leitet ihre Aktivitäten. Der Stiftungsrat überwacht die Stiftungszwecke und berät den Vorstand. Die Stifterversammlung, bestehend aus den Gründungsstiftern und Zustiftern, wählt den ersten Stiftungsrat und nimmt den jährlichen Rechenschaftsbericht des Vorstands entgegen.